Sông này có các cảng lớn thuộc hệ thống Cảng Sài Gòn. Có tuyến buýt đường sông xuất phát từ bến Bạch Đằng (Quận 1) đi theo sông Sài Gòn, qua kênh Thanh Đa và ra lại sông Sài Gòn đến khu vực phường Linh Đông (thành phố Thủ Đức). Ngoài ra, ở Thành phố Hồ Chí Minh còn có một hệ thống kênh rạch chằng chịt: Thầy Cai, Láng The, Bàu Nông, rạch Tra, Bến Cát, An Hạ, Tham Lương, Cầu Bông, Nhiêu Lộc-Thị Nghè, Bến Nghé, Lò Gốm, Kênh Tẻ, Tàu Hũ, Kênh Ðôi...